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水中菌藻為細菌、真菌和藻類，它們增殖快，可以形成細菌微生物膜，對設(shè)備造成污塞和腐蝕。細菌中黏液細菌和鐵細菌容易生成黏液菌膜，某熱電廠在一級除鹽水箱中大量孳生這類菌膜，增殖速度可達0.5mm/d，并使混合床污塞。鐵細菌除自身引起污塞外，還使鋼鐵設(shè)備腐蝕，在此過程中獲取營養(yǎng)，并由亞鐵離子氧化為高價鐵離子過程中獲取熱量（能量）。能產(chǎn)酸引起設(shè)備腐蝕的有硫細菌與氮（硝）細菌。硫細菌中硫化細菌可以還原硫酸鹽和把有機硫轉(zhuǎn)化為硫化氫；反硫化細菌可把硫化物氧化為亞硫酸，進而氧化為硫酸。硝化細菌可使氨（胺）在亞硝酸細菌作用下氧化為亞硝酸，再進而在硝酸細菌作用下氧化為硝酸；與以上在好氧條件下的氧化作用相反的是厭氧菌的反硝化作用，硝酸鹽還原細菌可將硝酸還原為亞硝酸，亞硝酸鹽還原菌將亞硝酸鹽還原為氨（胺）。真菌在水中存活較少，主要在大氣與動植物腐敗物上寄生。藻類中主要是藍藻、綠藻和硅藻，其主要顏色分別為藍、綠、褐。藻類依靠光合作用吸取能量存活，它可把水中的重碳酸鹽或溶入水中的二氧化碳轉(zhuǎn)化為醣并產(chǎn)生氧氣，隔絕陽光可以抑制其生長。
菌藻的尺寸為0.5～2微米，有的可達10微米，如果不能將其可靠地濾除或殺滅，一旦進入膜處理元件，活體將繁殖孳生，死亡后的遺骸及分解產(chǎn)物仍將造成污塞。
對于膜處理的入口水進行微濾，使濾孔為0.1微米可以阻濾菌藻；使用殺菌滅藻劑可以殺滅菌藻，但應(yīng)控制劑量以免損傷膜體。交替使用氧化性殺生劑及還原性殺生劑，可以防止菌藻出現(xiàn)抗藥性。
